Kyle é um adolescente de 16 anos que acorda numa floresta à beira de Seattle totalmente nu e sem nenhuma lembrança de sua vida antes daquilo. Kyle é como um bebê recém-nascido em sua falta de conhecimento da vida social humana: ele não conhece nem mesmo as coisas mais simples, como a maneira de comer ou beber, e não consegue se comunicar com outras pessoas.
Surgem mais perguntas e o perigo aumenta. Kyle começa a descobrir a verdade sobre o seu passado e com o rigoroso treinamento de Tom Foss ele aprende a potencializar as suas habilidades. Mas isso continua sendo segredo, inclusive para a família Trager, que só quer ajudá-lo a viver como um adolescente normal. Nesta nova temporada, Kyle tem que aprender a lidar com a sua vida dupla e com os perigos fora de casa. O risco aumenta quando uma garota recebe a missão de seqüestrá-lo.
Kyle descobre toda verdade sobre seu passado e, com a ajuda de Foss, além de desenvolver suas habilidades, ele também tem que se preocupar de como as usará para ajudar as pessoas.
Mas apesar de toda tranquilidade aparente, Kyle não pode se descuidar, já que a Madacorp descobre que ele está vivo e pretende capturá-lo usando a cobaia XX.
Foss fica alarmado com um assassinato na floresta, o que leva Kyle a ter um surto com todo o estresse da situação. A investigação de Declan sobre o que ele acredita ser o segredo de Kyle pode levar a sérias conseqüências.
De volta ao trabalho, Nicole tem uma nova paciente: Jessi. A garota procurou Nicole para cumprir as recomendações de sua "irmã", Emily, que acredita que Jessi teve uma infância difícil.
Kyle acredita que ele pode prever o futuro depois de ter várias visões que se realizam. Kyle se envolve ainda mais com a pesquisa de Baylin na esperança de encontrar respostas.
As visões de Kyle revelam a consolação dos Tragers depois que o pai de Stephen tem um ataque cardíaco e entra em coma. O pouco progresso de Jessi na terapia desanima Emily.
Kyle, Declan e Foss fazem um plano para recuperar o anel de Latnok de Kyle. Enquanto isso, Lori começa a questionar o tempo em que Stephen está na Madacorp.
Kyle sai da quarentena para encontrar Jessi e eles usam uma foto do armário de Baylin para encontrar respostas. Enquanto isso, os Tragers relembram tudo o que sabem sobre Kyle, na tentativa de descobrir quem ele realmente é.
É a Semana das Profissões na escola. Kyle e Josh contemplam seus futuros, Jessi tenta se ajustar ao desejo de Kyle de permanecer anônimo. Brian Taylor pede conselhos a Nicole.
O relacionamento de Kyle e Amanda fica instável quando ela faz uma visita surpresa a sua casa, e não conta por quê. Jessi perde a paciência com Kyle quando ele insiste em adiar seu treinamento.
Amanda consegue um emprego no The Rack, mas seu primeiro dia não vai nada bem. A presença de Jessi na vida de Kyle deixa Amanda irritada. Josh é colocado em uma situação complicada quando some dinheiro da caixa registradora do The Rack.
Na esperança de se resolver com Jessi, Kyle a leva em uma viagem para pesquisar Sarah. Lori e Hillary pedem a ajuda de Amanda para entrarem em um bar universitário em busca de um DJ, e Andy e Josh procuram conselhos.
Kyle planeja um encontro entre Jessi e Sarah depois de segui-la até um jantar. Amanda descobre que planejar o baile de formatura da escola é mais difícil do que parece.
Os alunos esforçam-se para fazer do baile de formatura a noite mais perfeita de suas vidas. Jessi faz um anúncio surpreendente sobre seu relacionamento com Sarah.
Kyle é um adolescente de 16 anos que acorda numa floresta à beira de Seattle totalmente nu e sem nenhuma lembrança de sua vida antes daquilo. Kyle é como um bebê recém-nascido em sua falta de conhecimento da vida social humana: ele não conhece nem mesmo as coisas mais simples, como a maneira de comer ou beber, e não consegue se comunicar com outras pessoas.
A misteriosa história de Kyle começa quando ele sai da floresta e chega às ruas da cidade. Ao ser levado para um centro de detenção, é avaliado pela psicóloga Nicole Trager, que logo percebe que ele é diferente de todos os pacientes que ela já viu. Convencida de que aquele não é o lugar indicado para ele, Nicole leva-o para casa, para conviver com ela e a sua família. A família não acha nenhuma graça, mas Kyle vai se adaptando ao ambiente e acaba conquistando todos eles.
A família Trager faz de tudo para tentar acabar com a insônia de Kyle, mas nada dá certo.Os conceitos de tempo e sono perturbam Kyle, que se pergunta por que as pessoas à sua volta estão tão ligadas nos números dos relógios. Ele observa como os membros da família Trager entram e saem de casa de acordo com o horário, e se pergunta o motivo de tanto corre-corre, já que tudo que se tem nas mãos é o tempo. Mas Kyle tem mais tempo do que a maioria das pessoas, já que não dorme desde que chegou. Os Trager se esforçam para deixar Kyle tanto exausto quanto relaxado, fazendo-o correr, tomar chá, pílulas para dormir, banho quente, etc. A insônia do rapaz mobiliza a família, deixando Kyle com a sensação de que está se tornando um peso.
Kyle tenta entender a propensão das pessoas para a verdade, as meias verdades e as mentiras sinceras.
Existem grandes mentiras, pequenas mentiras, mentirinhas e mentiras que não causam danos, como Kyle aprende enquanto navega por essa rede complexa. Ao observar cada membro da família Trager lidando com as suas próprias mentiras, Kyle não consegue entender por que as pessoas simplesmente não dizem a verdade, e procura um sentido para esse comportamento humano tão estranho. Enquanto isso, o Detetive Breen conta a Nicole que um esqueleto foi achado na área em que Kyle foi encontrado, e que eles supõem que os dois fatos, de certa forma, estão conectados.
Os sinais de interesse de Kyle pela vizinha Amanda vão aumentando, enquanto ele tenta entender essa estranha atração e a felicidade que sente só de pensar nela. Lori e Josh também estão sofrendo por amor, mas de modos diferentes. Lori precisa decidir o rumo da sua relação com Declan e se está pronta para perder a virgindade com ele. Josh tenta se encher de coragem para falar com a garota dos seus sonhos. Será que os três vão encontrar o amor verdadeiro ou só dor de cabeça?
O primeiro dia de escola é duro para os três jovens; Nicole e Stephen se desentendem com Tom Foss.
Numa tarde tranqüila, Nicole Trager aproveita sozinha um dia sem crianças emcasa. Pelo menos é isso que ela pensa. Quando ouve umajanela quebrando no andar decima, percebe que pode não estar sozinha. E é verdade. Tom Foss, o homem misterioso, invadiu a casa e colocou escutas em todos os cantos. Mas conseguiu sair tão rápido quanto entrou,e sem ser visto. No primeiro dia de escola para os jovens Trager, o único animado éKyle. Ele será capaz de impressionar os colegas com as suas habilidades ou a nova experiência será um desafio maior do que ele imagina?
Kyle tem a sua primeira experiência em equipe quando entra para o time de basquete da escola; Nicole se aproxima da conexão de Kyle com o assassinato.
Preocupada com os intensos pesadelos de Kyle, Nicole continua a procurar o homem que aparece nos sonhos dele e a possível ligação desse homem como corpo encontrado na floresta. Na sua investigação, ela depara com informações sobre um professor chamado Dr. Kern e seu trabalho com a força do cérebro. A pesquisa leva Nicole ao livro escrito por ele sobre a atividade cerebral humana, o que a faz pensar que o professor tem alguma relação com o passado de Kyle e, possivelmente, com o assassinato.
Enquanto isso, Josh percebe que Kyle tem habilidades anormais no basquete e usa isso para conseguir dinheiro fácil. Com Kyle no time, Lori também leva vantagem e aproveita para se aproximar de Declan, que é da mesma equipe.
Com pesadelos muito realistas e freqüentes, Kyle começa a se sentir frustrado com a sua falta de memória; Lori tenta ignorar seu aniversário.
Chove e todo mundo fica em casa, e aí os segredos começam a aparecer. Depois de uma noite de pesadelos terríveis, Kyle está preocupado com a falta de memória e começa a pensar se um dia saberá quem realmente é. Sua raiva e sua frustração aumentam quando é encontrado o diário secreto de Josh (“Kyle”), que registra suas características meio alienígenas. Com tantas teorias e agora com os pesadelos, Kyle está determinado a descobrir quem é e de onde veio. Sua curiosidade fica ainda mais aguçada quando ele encontra Tom Foss por acaso, e estranhamente o reconhece.
Enquanto isso, Lori fica intrigada pelo fato de Declan permanecer na sua casa por causa da tempestade. Depois de perguntar por que ele realmente ficou lá, os segredos da família do rapaz começam a vir à tona.
Kyle tem sua primeira experiência em equipe quando entra para o time de basquete da escola; Nicole se aproxima da conexão de Kyle com o assassinato.
Kyle está desesperado por obter informações sobre o seu passado e toda a família Trager percebe isso. Quando Declan sugere uma pesquisa sobre o Dr. Kern, Kyle e Lori se juntam a ele, sem que Stephen e Nicole saibam de nada. Ao chegar à Universidade de Washington, Kyle vai ao laboratório de Kern e consegue informações sobre um antigo aluno que Kern chamou de Adam e que parece ter semelhanças incríveis com ele. Quem é esse Adam Baylin e que respostas ele pode ter? Será essa a peça-chave do quebra-cabeça que Kyle está tentando montar? Ele está determinado a descobrir as respostas.
A viagem a Washington também faz com que Lori e Declan reflitam sobre as suas vidas. Depois que Lori faz um novo amigo, Declan chega à conclusão de que as brincadeiras acabaram e que pode estar gostando mesmo dela, mais do que quer admitir.
Depois de perceber que tem mais habilidades estranhas, Kyle decide continuar a sua busca da verdade, que pode levar a um final mortal.
Sabendo que possui uma audição privilegiada e a habilidade de leitura labial, Kyle, junto com Declan, espiona o apartamento de Foss, com a esperança de ouvir alguma coisa atrás da porta que esclareça algo do mistério. Mas o que os dois descobrem pode ser mais complexo do que eles conseguem entender. Kyle acha que pode estar enlouquecendo. Kyle e Declan não são os únicos que estão seguindo Foss. Cyrus Reynolds, funcionário de uma empresa não-identificada que está atrás de Kyle, espera que Foss o leve diretamente ao jovem. Mas como Kyle também está em busca de Foss, Cyrus não demora muito a encontrar Kyle. Será que a pesquisa de Kyle sobre seu passado vai levar a ele e os Trager a um final mortal?
No auge da investigação de Kyle, todas as suas perguntas podem ser respondidas quando seus pais “de verdade” aparecem para levá-lo para casa.
A montanha-russa na qual Kyle e os Trager se meteram não acaba depois do tumulto causado por um casal que, afirmando ser os pais de Kyle, aparecem no hospital para levá-lo para casa. Kyle não se convence com a história dos Peterson sobre quem ele é. Declan assume a missão de encontrar as respostas para as questões levantadas por Foss.
Finalmente Foss dá a Kyle algumas pistas sobre de onde ele vem e quem ele realmente é. Depois de uma conversa na floresta, Kyle volta para a casa dos Trager afirmando que os Peterson são mesmo a sua família e se prepara para ir embora com eles. Os Trager e outras pessoas têm que se despedir do jovem por quem se afeiçoaram. Os Peterson são verdadeiros ou apenas outra estratégia para esconder quem Kyle realmente é?
